Les agriculteurs seront-ils tranquilles un jour ? C’est la question qu’on peut légitimement se poser, car rien ne semble épargner le monde agricole en ce moment. Après une année 2026 marquée par la dermatose nodulaire contagieuse (DNC) et une sécheresse estivale éprouvante, une nouvelle menace sanitaire plane au-dessus des éleveurs du Doubs : le virus Shamonda. Apparu dans les élevages français cet été, ce virus affecte notamment la production laitière et la reproduction des bovins. Si ses conséquences semblent moins lourdes que celles de la DNC, il fragilise davantage des exploitations déjà mises à rude épreuve.
Un nouveau virus qui gagne les pâturages français
Alors que les traumatismes de la DNC restent encore bien présents dans les esprits de nombreux agriculteurs du Doubs, un autre virus a fait son apparition en juillet 2026 dans les élevages français. Son nom : le Shamonda. Identifié pour la première fois au Nigeria au milieu des années 1960, ce virus a débarqué dans les exploitations bovines européennes cet été. Pour Lionel Malfroy, président du Groupement de défense sanitaire (GDS) du Doubs et éleveur, cette évolution s’inscrit directement dans un contexte climatique défavorable. « C’est l’une des incidences du réchauffement climatique. De plus en plus de vents chauds remontent en Europe et nous amènent des maladies que l’on n’avait pas avant. Il faut que l’on se prépare à ça pour les années à venir », estime-t-il. Transmis aux bovins par des petits moucherons piqueurs (Culicoïdes), le virus peut provoquer de la fièvre, des diarrhées et une baisse de la production laitière. Des troubles de la reproduction, notamment des avortements, sont également observés dans les élevages touchés.
Des conséquences directes sur la reproduction
Dans le Doubs, les premières remontées du terrain font état d’une augmentation importante des avortements déclarés au cours de l’été. « En un mois de propagation dans le département, nous avons vu une hausse impressionnante du nombre d’avortements déclarés dans les exploitations. Nous avons atteint 450 avortements de vaches sur le mois de juillet 2026, alors que d’habitude, nous sommes à 200 », rapporte Lionel Malfroy. La propagation du virus et ses conséquences sur les avortements ont, selon lui, été accentuées par l’été caniculaire et l’état de fatigue des animaux : « Les vaches étaient déjà plus sensibles à cause de la chaleur. Elles ont donc certainement été plus touchées par la maladie qu’en temps normal. » Mais au-delà des conséquences sanitaires, cette maladie fait peser un nouveau risque économique sur les exploitations. La baisse de la production laitière et les difficultés de reproduction peuvent affecter directement les revenus des éleveurs et déséquilibrer l’organisation des élevages, déjà mal en point. « Les animaux touchés ne portent plus. Indirectement, cela a des répercussions sur la production de lait, les vêlages et les naissances. C’est tout un équilibre qui est perturbé pour l’agriculteur, qui vit déjà une situation délicate », explique Lionel Malfroy. Et les conséquences à long terme de la maladie sont encore inconnues. « Nous n’avons pas encore assez de recul sur les effets de la maladie, mais nous craignons qu’il y ait des malformations chez les veaux qui, malgré le risque d’avortement, arrivent à terme », ajoute-t-il.
Une nouvelle épreuve pour une profession déjà en souffrance
Après les nombreuses difficultés liées à la DNC et à la sécheresse estivale, cette nouvelle menace sanitaire vient s’ajouter aux contraintes rencontrées par les agriculteurs. Malgré tout, la profession tente de faire face. « On a appris à relativiser. Il faut qu’on s’adapte à tout ça. Entre les crises sanitaires, dont la DNC, et la sécheresse de cet été, on a appris à relativiser. Il faut se dire que c’est une maladie comme une autre, qui va nous impacter, mais que l’on va gérer », confie Lionel Malfroy. « Cette maladie n’est pas comparable à la DNC. Elle ne nous inquiète pas. C’est juste qu’elle arrive au mauvais moment. Elle ajoute encore de la difficulté à une situation déjà particulièrement tendue pour le monde agricole », résume-t-il.
Une maladie peu encadrée et qui a fait un mort
À ce stade, le virus Shamonda ne fait pas l’objet de mesures réglementaires spécifiques comparables à celles mises en place contre la DNC. Le ministère de l’Agriculture estime d’ailleurs que son impact reste limité dans les élevages touchés. Pourtant, la détection d’un premier cas humain en France, annoncée en octobre, a conduit les autorités sanitaires à approfondir leurs investigations. Le patient infecté, qui était immunodéprimé, est décédé début octobre à Lyon. À ce jour, les autorités n’identifient aucun risque sanitaire pour la population générale.
Pour les éleveurs du Doubs, l’enjeu reste désormais de limiter les conséquences de cette nouvelle maladie sur leurs troupeaux, alors que les exploitations doivent déjà composer avec les difficultés accumulées depuis le début de l’année.
